Vues materialisees et mise a jour du contenu¶

Introduction¶

Par défaut, la BDD a été conçue pour s’appuyer sur les données présentes dans GeoNature (https://github.com/PnEcrins/GeoNature).

Pour cela une BDD fille de GeoNature est créée avec les schémas utiles à l’atlas (atlas, gn_meta, gn_sensitivity gn_synthese, taxonomie, ref_geo, ref_nomenclatures, utilisateurs ), alimentée grace à un Foreign Data Wrapper (http://docs.postgresqlfr.org/9.2/sql-createforeigndatawrapper.html).

Cela permet de créer un lien dynamique entre les 2 bases de données. A chaque fois qu’une requête est éxecutée dans une table de l’atlas (BDD fille), le FDW permet d’interroger directement dans le BDD mère (celle de GeoNature) et ainsi d’avoir les données à jour en temps réel.

Néanmoins pour plus de généricité et permettre à une structure d’utiliser GeoNature-atlas sans disposer de GeoNature, l’application ne requête jamais directement dans ces schémas liés à GeoNature.

Dans un soucis de performance et pour ne pas requêter en permanence sur la base mère GeoNature, nous avons mis en place des vues matérialisées (http://docs.postgresqlfr.org/9.3/rules-materializedviews.html) pour que les données soient précalculées, indéxées et présentes directement dans le schéma atlas.

Vous pouvez alimenter l’atlas avec une autre source de données que GeoNature (voir section 3.1 de la documentation d’installation).

Liste des vues matérialisées principales¶

Voir les fichiers dans le répertoire data pour plus de précisions.

atlas.vm_taxref qui renvoie toutes les données de taxonomie.taxref
atlas.vm_observations qui renvoie toutes les observations.
atlas.vm_cor_area_synthese : VM de correspondance (N-N) entre une observation et un zonage (atlas.vm_l_areas)
atlas.vm_cor_maille_observation: renvoie pour chaque observation quelle est la géométrie de flouage (calculé à partir de atlas.vm_cor_maille_observation et atlas.vm_cor_sensitivity_area_type)
atlas.vm_cor_sensitivity_area_type : table de relation entre un niveau de sensibilité et un type de zonage
atlas.vm_taxons qui renvoie la liste des taxons observés au moins une fois sur le territoire (présents dans vm_observations).
atlas.vm_search_taxon qui renvoie l’ensemble de tous les taxons + tous leurs synonymes pour le module de recherche d’une espèce.
atlas.vm_altitudes qui renvoie le nombre d’observations pour chaque classe d’altitude et chaque taxon. Cette vue peut être personnalisée pour adapter les classes d’altitude (Voir ci-dessous : « Personnalisation de l’application »).
atlas.vm_mois qui renvoie le nombre d’observations pour chaque mois et chaque taxon.
atlas.vm_l_areas est une copie de la table ref_geo.l_areas de GeoNature, elle contient tous les zonages necessaire à l’atlas (fiche territoire + zonages lié à la sensibilité)
atlas.vm_medias qui renvoie tous les médias des taxons, sur la base du schéma taxonomie de TaxHub
atlas.vm_cor_taxon_attribut qui renvoie les attributs TaxHub des taxons. Par défaut : description, commentaire, milieux, chorologie, sur la base du schéma taxonomie de TaxHub.

Modèle conceptuel du schéma `atlas`

A partir de TAXREF et des observations, on génère la vue des taxons et on calcule des informations sur chaque taxon (carte des observations, graphiques, taxonomie…)

On peut aussi décrire chaque taxon (attributs) et y associer des médias (photos, audios, vidéos, articles…)

Personnaliser les classes d’altitude¶

Pour modifier la vue vm_altitudes, modifiez le paramètre altitudes du fichier settings.ini puis relancer l’instalation de la base de données.

Mise à jour des vues matérialisées¶

Dans un soucis de performance, les données contenues dans les vues matérialisées n’intègrent pas en temps réel les mises à jour faites dans GeoNature. Pour cela ces vues doivent être actualisées grace à la fonction REFRESH MATERIALIZED VIEW ajouté dans le schéma public de PostgreSQL.

Une fonction, générée lors de la création de la BDD de GeoNature-atlas permet de mettre à jour toutes les vues matérialisées du schéma atlas.

Pour lancer manuellement cette fonction, ouvrez une console SQL et exécutez la requête suivante :
```
SELECT RefreshAllMaterializedViews('atlas');
```
Si vous utilisez une version de PostgreSQL inférieure à 9.4, le rafraichissement concurrent des vues matérialisées (https://www.postgresql.org/docs/9.4/static/sql-refreshmaterializedview.html) n’est pas possible. Dans ce cas, modifiez la fonction comme indiqué dans ses commentaires (https://github.com/PnX-SI/GeoNature-atlas/blob/master/data/atlas.sql#L424).
Pour automatiser l’éxecution de cette fonction (toutes les heures dans cet exemple), ajoutez la dans le crontab de l’utilisateur postgres :
```
sudo su postgres
crontab -e
```

Ajouter la ligne suivante en prenant soin de mettre à jour les paramètres de connexion à la base de GeoNature-atlas :

0 * * * * psql -d geonatureatlas -c "SELECT RefreshAllMaterializedViews('atlas');"

Cette fonction rafraichit toutes les vues materialisées présentes dans le schéma atlas et ne tient pas compte de l’ordre du rafraichissement. Cette opération peut-être assez longue dans le cas où le réferentiel géographique est volumineux alors que celui-ci est relativement stable (peu de MAJ des communes ou du territoire).

Dans ce cas, préferez un rafraichisement automatique uniquement des données : fonction atlas.refresh_materialized_view_data(). Pour rafraichir les données géographiques, lancer ponctuellement la fonction atlas.refresh_materialized_view_ref_geo().